שנים רבות התחבטו ראשי האגף הדתי במשרד החינוך בשאלה, כיצד אפשר לנתב את בחורי ישיבות ההסדר להשתבץ במערך החינוך וההוראה בישראל. לא סוד הוא שבמערכת החינוך בכלל והאגף הדתי בפרט ישנו מחסור במורים גברים. מאגר נפלא זה של בחורי ישיבה אשר המטען הרוחני שלהם גדול, ואישיותם הלמה את מגוון תפקידי החינוך וההוראה שהיו כה חסרים, חייבה הקמת מפעל שיביא רבים מהם לשדה החינוך.
למרות הידע הרב שרכשו תלמידי הישיבה במכוני הלימוד, היתה חסרה להם ידיעה בשטח ההוראה עצמו. איך מלמדים נכון וטוב? דידקטיקה, פסיכולוגיה, מבוא לחינוך וכיו"ב. שעות הלימוד הרבות בישיבה (הרבה מעבר למה שמקדיש סטודנט ממוצע לקבלת תואר B.A). לא הוכרו מעולם בשום מסגרת פורמלית. לפיכך הועלתה הצעה להכשיר בזמן קצר תלמידי ישיבה אשר יש להם את המטען הראוי של תכנית הלימוד ע"י הוספת שיעורים בנושאי חינוך ודידקטיקה ובכך להכשירם להוראה.
גם כאן, כמו במסגרות אחרות (תכנית לימוד בכולל רבנות, בכולל דיינות, תוכנית ההסדר, תוכנית בני חו"ל) היתה ישיבת כרם ביבנה חלוצה. בשנת תשכ"ו התחילה בישיבה "תוכנית קיל",על שמו של ראש האגף לחנוך דתי בזמנו ר' יהודה קיל, בימי חמישי אחה"צ. במרוצת השנים הלכה התכנית והתפתחה. כיום פועל המכון להכשרת מורים במסגרת מכללת מורשת יעקב ברחובות. הלימודים משתרעים על פני שלש שנות לימוד, בסוף תקופת ההסדר. במסגרת הלימודים, יוצאים התלמידים לעבודה מעשית בבתי ספר באיזור. תלמיד המסיים את לימודיו במכון מקבל תעודת מורה בכיר ורשיון הוראה, ובנוסף תואר ראשון בחינוך.
בראש המכון עמד בהווסדו ר' ברוך ארליך. אחריו עמד בראש המכון בוגר הכולל הרב מרדכי תובל זצ"ל. עם פטירתו נתמנה לראש המכון הרב מרדכי דימנטמן שליט"א המכהן בתפקיד עד עצם היום הזה. המקשר והממונה על המכון מטעם הישיבה הוא המשגיח הרב שרון יוסט שליט"א.
כיום לומדים במכון כ- 80 תלמידים. מאות בוגרי המכון השתלבו במגוון עצום של מקצועות החינוך, בהם ראשי ישיבות, דיינים, רמי"ם, מורים בישיבות תיכוניות וביה"ס היסודיים, רבני בתי ספר, רבני קהילות ורבנים צבאיים. השפעתם בשדה החינוך רבה וכך מקיימת הישיבה את מאמר חז"ל "ותורת חסד על לשונה", איזו היא תורה של חסד, תורה ללמדה!